Ein erstes Museum auf Helgoland war bereits 1899 eröffnet worden, wurde aber am 18. Oktober 1944 zerstört, damals war die Vogelsammlung Heinrich Gätkes die Hauptattraktion.
Das heutige Museum hatte von 1996 bis 1999 mit Michael Peters einen Wissenschaftler als Museumsleiter. Es wurde als Heimatmuseum lange von engagierten Laien betrieben. Seit 2023 wird es wieder von einem Wissenschaftler, dem Kunsthistoriker Jürgen Fitschen, geleitet. Neben vielen Ausstellungen, der Erweiterung im Jahr 2006 durch einen Museumshof mit kleinen Hummerbuden zu unterschiedlichen Themen und einem Holz-Leuchtturm ist es auch durch die Replik der Helgoländer Steinkiste bekannt geworden.
Das Museum befasst sich mit der Naturkunde und der Geschichte der Insel sowie dem Leben ihrer Bewohner. Auch die Bolzendahlsche Chronik wird im Museum verwahrt. Hinzu kommen wechselnde Ausstellungen sowie Infoveranstaltungen.
Die Hummerbuden beherbergen Sammlungen zu James Krüss, Franz Schensky, zur Postgeschichte Helgolands, zur Seenotrettung und zum Seebäderdienst.
